Zum Kirchenbezirk Paderborn zählen etwa 2750 neuapostolische Christen, die in 18 Gemeinden zusammenkommen. Die seelsorgerische Betreuung wird von ca. 95 ehrenamtlich tätigen Amtsträgern durchgeführt.

Der Kirchenbezirk Paderborn ist dem Arbeitsbereich Nordost von Apostel Wolfgang Schug zugeordnet. Die zuständigen Bischöfe sind Bischof Ulrich Götte und Bischof Karl-Erich Makulla.

Die Bezirksleitung wird gebildet von dem Bezirksältesten Olaf Koch und seinem Vertretern, Bezirksevangelist Helmut Gaida und Bezirksevangelist Christioph Ewering.

Der Kirchenbezirk Paderborn ist der Gebietskirche "Neuapostolische Kirche Westdeutschland" unter der Leitung von Bezirksapostel Rainer Storck angegliedert.

Alle Gebietskirchen bilden zusammen die "Neuapostolische Kirche International" (kurz NAKI) unter der Leitung des Kirchenoberhauptes Stammapostel Jean-Luc Schneider.

Seit dem 4. April 2019 ist die Neuapostolische Kirche Deutschland (NAK) Gastmitglied in der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) in Deutschland.

Als Teil der ökumenischen Bewegung tritt auch die NAK für die Förderung und Vertiefung der ökumenischen Verständigung, der Einheit und der Zusammenarbeit aller christlichen Kirchen ein.